1767年，來自今日的三峽、土城、鶯歌、大溪等的鄉民，分為劉姓、陳姓、林姓、李姓、王姓、大雜姓、中莊雜姓等七組人馬，動工建造祖師廟，供奉安溪清水巖迎來的清水祖師。1813年廟內更開設私塾，由名士陳川負責教育當地孩童。
該廟因地震有部份毀損，1833年進行第一次重建。
1895年馬關條約，臺灣割讓，日本接收臺灣時，乙未戰爭爆發，日軍在三角湧失利，事後採掃蕩方式南下挺進，該廟被焚，1899年進行第二次重建。
1945年二次大戰結束後，日本投降離臺，三峽祖師廟歸三峽公家所有，由當時代理三峽街長的藝術家李梅樹教授管理，李梅樹篤信清水祖師，愛好藝術，極其用心地進行了第三次的重建計劃，從募款、設計、成立委員會、工程進行，費時費力，在1947年動土，由前殿開始進行全面整修，還買了臺灣神社的鳥居改作龍柱。1963年正殿作樑；1975年鼓樓施工。
1983年，主持重建三十多年的李梅樹去世，重建委員會改選時一波三折，1995年因石欄桿的裝設引起爭議，1996年三峽祖師廟的重建告停。
三峽祖師廟在歷經三次重建後，主要的建築型式為三進九開間的殿堂式廟宇，「三進」意味著其有前殿、大殿（也就是中殿）、後殿。九開間則是廟的寬幅。在廟宇基地上的特色就是寬幅大（30米），進深小（40米）。
祖師廟的建築風格和一般臺灣廟宇不甚相同，其特點如下：
全石作的壁面，在祖師廟中找不到如一般廟宇的彩繪壁畫，所有壁面皆為石材，因此壁面的裝飾也以石刻浮雕的手法呈現。
樑與枋無彩繪、無拱形，皆以浮雕呈現，並加以貼金裝飾。
前殿、中殿、後殿皆作藻井，一般廟宇僅在前殿的三川殿與大殿做藻井。
左右廂房一樓為鋼筋混凝土建造，二樓採古法用木作。因此側殿與鐘鼓樓可說是第一層現代、第二層古代的建造手法。
外型較一般廟宇來得瘦高，前殿的感覺特別明顯，簷口比一般廟宇拉高許多。中間的三川殿寬高比例為1.8[2]。
由上可知，三峽祖師廟的建築特色在於其石材的雕刻，除基座的造型較為簡潔外，其他廟體的建築部份皆有繁美的石雕。最吸引人的是大殿20根步柱的石雕。除龍柱外，尚有雙龍柱、單龍柱、花鳥柱與對聯圓柱。大殿的「三層雙龍柱」、「花鳥柱」與「百鳥朝梅柱」可說是廟中最重要的石柱雕刻。
也由於石雕比木雕要來得耗時精工，造成祖師廟的重建比一般廟宇要來得久及吃力。匠師、材料、產地、題材也是1990年之後重建計劃一波三折的原因。
台灣光復後，改制為三峽鎮，三峽人的信仰中心－長福巖清水祖師廟由藝術家李梅樹教授主持改建，由於建造技術匠心獨具，精雕細琢，造就了祖師廟「東方藝術殿堂」的美名，使祖師廟在莊嚴的宗教氣息中，增添珍貴的藝術價值。
